概要 - ゲノムシーケンスデータを用いたHLAタイピング解析

癌をはじめとして各種疾患には免疫系が関与していることが報告されており、高速シーケンス解析を実施してゲノム上の変異を検出する際に、併せてHLAタイピングを実施するケースが増えています。これまではハイブリダイゼーション法で特定のHLAタイプを検出する方法が主流でしたが、本手法では全ゲノムシーケンスやエクソームシーケンスデータ中に存在するHLA領域のデータからHLAタイピングするため、シーケンスデータがあれば解析可能です。HLAタイピング解析には、京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センターで開発されたHLA-HD (HLA typing from High-quality Dictionary)プログラムを用います。本プログラムではIPD-IMGT/HLA データベース情報からHLAアリル配列の辞書を作成し、それに対してシーケンスデータのマッピングを実施することで高精度なタイピング結果を出力することが可能です。

●サービス内容

ヒトエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータ（fastqファイル）からHLA-HDプログラムを用いてHLAタイピングを実施し、4桁および6桁のタイピング結果を納品いたします。対象となるHLA遺伝子は、HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DPB1です。その他のHLA遺伝子タイピングについては参考データとして納品可能です。