# 概要
シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。


受託解析サービスのご紹介

# サービス内容
【概要】

シングルセルレベルで遺伝子発現を網羅的に解析します。組織（バルク）での解析では、個々の細胞の転写産物が混ぜ合わされ、構成細胞の平均値が結果として現れます。一方、​シングルセル解析では組織を構成する細胞一つ一つについて解析することで、より多くの情報を得られます。

【シングルセル解析のポイント】

1．細胞の分類 ーデータをもとにした分類で細胞集団の内訳の把握

2．遺伝子発現の違いを通じた細胞集団の比較 ー細胞集団間の差異、機能的特徴の発見

3．新しい細胞集団の発見 ー細胞亜集団の発見・機能解析によるバイオマーカー・創薬標的の発見

4．細胞決定の道筋をたどる ー遺伝子発現変化による疑似的な時間軸の発見・細胞運命分岐の発見

生物の体は「機能の異なる様々な細胞」でできています。組織（バルク）での解析では、個々の細胞の転写産物が混ぜ合わされ、構成細胞の平均値が結果として現れます。つまり、個々の細胞の値は隠されてしまいます。

​シングルセル解析は組織を構成する細胞一つ一つについて解析することで、より多くの情報を得られます。また、教師なしクラスタリングにより、各細胞のデータのみを使って細胞の種類を分類することができます。

【サンプル受入要件】

・接着細胞の場合は50万個以上を推奨（浮遊細胞の場合はお問い合わせください）

・凍結融解後の細胞生存率が90% 以上を推奨（自動セルカウンターに加え、目視によるカウントを推奨）

※詳細はお問い合わせください。凍結保存によって十分な細胞生存率が保てない場合や、細胞数が少ない場合は、細胞数・濃度・細胞のタイプなどの詳細を確認させていただき、サンプル調製方法や輸送方法を検討することでお受けできる場合がございますので、お問い合わせください。

【ご依頼方法】

以下の情報とともに、お問い合わせください。

(1) 解析対象の生物種

(2) サンプル数


# 概要
single cell RNA-seq解析の最も基幹部分をマスター

クラスタリングや、マーカー遺伝子によるcell type同定を中心に、豊富なデータ解析経験を持つエンジニアが講義致します。客観的な評価に基づいたオープンソースソフトウェアを用います。公開シーケンスデータを用いた実践的な実習で、初心者から経験者まで効率的にスキルを身に着けていただけます。


トレーニング紹介動画

# 概要
・CosMx SMI

FFPEブロックから解析用の切片スライドを作製し、cyclic in situ hybridization技術により19,000以上のRNAまたは64以上のタンパク質を検出します。出力データは専用の解析プラットフォーム（AtoMx Spatial Informatics Platform (SIP) ：Bruker Spatial Biology社）で解析します。

・Xenium In Situ

FFPEブロックから解析用の切片スライドを作成し、padlock probeとrolling circle amplificationケミストリーにより約5,000のRNAを検出します。出力データは専用の解析プラットフォーム（Xenium Onboard Analysis：10x Genomics社）で解析します。


# 概要
固定化組織または細胞（もしくは凍結組織または細胞）を送付いただき、Chromium Xを用いてシングルセルに分画後、シーケンスライブラリーを作製します。NovaSeq Xなどの次世代シーケンサーで解析後、機器付属のソフトウェアCell RangerやLoupe Browserを用いて解析した結果を納品いたします。

不均一な細胞集団をシングルセル解析することにより、新規の細胞マーカーや制御パスウェイの発見、新規の細胞タイプの発見や細胞タイプの明確化、発生過程や分化過程の理解につなげることが可能です。

サンプルの固定化処理から、最新の次世代シーケンサーを用いてハイスループットに配列を取得し、情報解析を含めたすべての工程をサポートします。



イムノジェネテクス社 シングルセルTCRレパトア解析サービスでは、scRNA-seqとTCRレパトア解析を統合し､個々のT細胞について遺伝子発現情報と､クローンの再構成に必要なTCRα/βペアの配列を同時に解析できます。

各クローンの性質と頻度に基づき､TCR遺伝子療法などに有望なクローンの絞り込みが可能です。


# 概要
がん細胞や免疫細胞などの不均一な細胞集団の解析に重要であることから、シングルセル/核解析はいまや遺伝子解析技術の中でもスタンダードの一つになりつつあります。しかしながら、従来の手法では感度的に検出できない遺伝子がある、一度に処理可能な細胞数が限られるなどの制限があり、検体によっては正しい結果が得られないケースがありました。

　そこでイムノジェネテクス社では、日本ベクトン･ディッキンソン (BD) 社のRhapsodyシステムと東京理科大学発の高感度cDNA増幅法 (TAS-Seq法*1) をベースとし、さらに高感度に検出が可能なTAS-seq2法*2を組み合わせたシングルセル/核RNA-seq解析サービスを実施しております。また、お客様のご希望に応じて、現地にてRhapsodyによるシングルセル化、凍結細胞、凍結組織からの調製なども対応可能です。

既存のシングルセル/核RNA-seq解析では対応できない検体や、より正確な評価にぜひお役立てください。



*1：固相担体を用いた核酸増幅方法（PCT/JP2020/027123） *2：相補DNA鎖を増幅する方法（特願2023-036275）


# 受託サービス概要
細胞レベルでの遺伝子発現プロファイル取得により、細胞集団の不均一性、希少細胞集団の同定、細胞系譜解析などが可能です。

クラスタリング、細胞タイプ同定、擬似時系列解析まで、包括的な解析をサポートします。


受託カタログ

Single Cell解析サービス一覧

シングルセル / シングル核RNA-seq解析サービス

バイオインフォマティクス・トレーニングシングルセルRNA解析【Seurat】

シングルセル空間解析

シングルセル解析

イムノジェネテクス社シングルセルTCRレパトア解析サービス

高感度シングルセル/シングル核RNA-seq解析サービス

シングルセルRNA-seq解析受託サービス