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製品の特長 - シングルセルRNA-seq 解析
特長
細胞の分化過程の解明
細胞の多様性の解明
疾患サンプルに特有な細胞群の検出などの研究に役立ちます
概要 - シングルセルRNA-seq 解析
多様な細胞の状態や変化を調べるなら、いまをときめくシングルセルRNA解析で決まり！
個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、細胞間の差異を網羅的に把握できる手法です。
発現プロファイルのクラスタリングやマーカー遺伝子の発現によりbulk RNA-seqでは区別できなかったcell typeを見分け、異なるサンプルにおける特定のcell type同士を発現比較することなどが可能です。
仕様 - シングルセルRNA-seq 解析
| サンプル種類 | 一般的な生物種およびモデル生物に対応 |
|---|---|
| 解析法 | ・発現量算出 参照ゲノムへのマッピング UMI算出およびサンプルデータ統合 Loupe Cell Browser用閲覧データの作成 使用ソフトウェア：Cell Ranger ・クオリティコントロール 低クオリティ遺伝子および細胞の除外 次元削減（PCA、t-SNE）および可視化 クラスタリング（k-means）および可視化 バッチエフェクト補正（UMAP）※2サンプル以上の場合 ・細胞群抽出 マーカー遺伝子による特定細胞群の抽出 ・発現変動解析 サンプルの実験情報にもとづく二群間発現比較 抽出した細胞群内での発現比較（1組み合わせ） 着目遺伝子の発現量可視化 使用ソフトウェア：Seurat ・パスウェイ解析、GO解析（オプション） ・Pseudotime analysis / Trajectory analysis（オプション） |
| 報告内容 | ・データ解析結果報告書（PDF） ・Cell Ranger解析結果一式 ・Cell Browser用閲覧ファイル（CLOUPE） ・クラスタリング結果のPCA/t-SNEプロット（PDF） ・各クラスタの発現マトリクスファイル（CSV） ・Feature plot（PDF） ・発現変動遺伝子リストファイル（XLSX） |
| 目安納期 | お問い合わせ |
| その他 | 供与物１: シーケンスデータ（FASTQ）* * : その他のプラットフォームもご相談ください 供与物２: サンプル情報（実験情報、生物種など） 供与物３: 着目する細胞（1種類）のマーカー遺伝子名および割合 供与物４: 発現に着目している遺伝子 （10個まで） |
| メーカー希望小売価格(税別) | お問い合わせ下さい |
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