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製品の特長 - xGen cfDNA & FFPE DNA Library Preparation Kit

低品質サンプルに対応する高い複雑度を備えたライブラリーを実現

xGen cfDNA & FFPE DNA Library Preparation Kitは、劣化した低インプットの研究サンプルからの非常に複雑な変異識別を可能にします。

cfDNAやFFPE DNAライブラリー調製に対応 - xGen cfDNA & FFPE DNA Library Preparation Kit

xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep MC Kit v2は、分解されたサンプルを使用する次のような多くの研究アプリケーションに適した次世代シーケンス(NGS)ライブラリーを生成します。

①SNPの低頻度の体細胞変異の識別

②挿入/削除(インデル)

③遺伝性生殖細胞系列SNPおよびインデルの識別

④全ゲノムシーケンス(WGS)

仕様 - xGen cfDNA & FFPE DNA Library Preparation Kit

サンプル種類高品質DNA、cfDNA、FFPEサンプル由来DNA
解析法該当項目: なし
報告内容該当項目: なし
目安納期お問合わせ
その他該当項目: なし
メーカー希望小売価格(税別)お問い合わせ下さい
表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
メーカーIntegrated DNA Technologies
販売元Integrated DNA Technologies
メーカーサイト製品ページ
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xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep v2 MC Kitのワークフロー 最初の手順では、末端修復酵素がcfDNAまたは切断されたインプットDNAを平滑末端DNAに変換し、ライゲーションの準備をします。次に、ライゲーション1酵素が、ライゲーション1アダプターの一本鎖を挿入断片の3’末端に追加する触媒をします。この新しい酵素は挿入断片をともにライゲーションできず、キメラ形成を最小限に抑えます。ライゲーション1アダプターの3’末端にも、アダプターダイマー形成を防ぐブロッキンググループが含まれています。ライゲーション2アダプターは、ライゲーション1アダプターに相補的に塩基をギャップ充填するプライマーとして機能し、DNA挿入断片の’5末端までライゲーションして、二本鎖産物を生成します。最後の手順では、Illumina®プラットフォームにおける配列決定用のサンプルインデックスシーケンスが、IDT 2x HiFi PCR mixを用いたPCRで組み込まれます。

xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep v2 MC Kitのワークフロー 最初の手順では、末端修復酵素がcfDNAまたは切断されたインプットDNAを平滑末端DNAに変換し、ライゲーションの準備をします。次に、ライゲーション1酵素が、ライゲーション1アダプターの一本鎖を挿入断片の3’末端に追加する触媒をします。この新しい酵素は挿入断片をともにライゲーションできず、キメラ形成を最小限に抑えます。ライゲーション1アダプターの3’末端にも、アダプターダイマー形成を防ぐブロッキンググループが含まれています。ライゲーション2アダプターは、ライゲーション1アダプターに相補的に塩基をギャップ充填するプライマーとして機能し、DNA挿入断片の’5末端までライゲーションして、二本鎖産物を生成します。最後の手順では、Illumina®プラットフォームにおける配列決定用のサンプルインデックスシーケンスが、IDT 2x HiFi PCR mixを用いたPCRで組み込まれます。

  • xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep v2 MC Kitのワークフロー 最初の手順では、末端修復酵素がcfDNAまたは切断されたインプットDNAを平滑末端DNAに変換し、ライゲーションの準備をします。次に、ライゲーション1酵素が、ライゲーション1アダプターの一本鎖を挿入断片の3’末端に追加する触媒をします。この新しい酵素は挿入断片をともにライゲーションできず、キメラ形成を最小限に抑えます。ライゲーション1アダプターの3’末端にも、アダプターダイマー形成を防ぐブロッキンググループが含まれています。ライゲーション2アダプターは、ライゲーション1アダプターに相補的に塩基をギャップ充填するプライマーとして機能し、DNA挿入断片の’5末端までライゲーションして、二本鎖産物を生成します。最後の手順では、Illumina®プラットフォームにおける配列決定用のサンプルインデックスシーケンスが、IDT 2x HiFi PCR mixを用いたPCRで組み込まれます。
  • IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep v2 MC Kitは、より高い収量、複雑度、カバレッジを提供します。 製造元の指示に従い、Horizon cfDNA参照標準(50ng)と7サイクルのPCRで、ライブラリーを3回繰り返し調製しました。定量後、xGen Hybridization and Wash Kitを使用して、ライブラリーをカスタム61kb(ターゲット領域)のxGen Hyb Panelでキャプチャーしました。キャプチャーしたライブラリーは、High-Output 300サイクルキットと製造元のプロトコールを使用してNextSeq™ 500(Illumina)でプール化および配列決定されました。8,500万のトータルリードにサブサンプリングした後、カバレッジと複雑度が計算されました。

注意事項

  • 価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • 表示している参考価格に消費税等は含まれておりません。