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製品の特長

特長

低価格・高品質なシーケンシング

Wet/Dry双方に精通した研究員による事前の技術相談

カスタムメイドでの応用的なバイオインフォマティクス解析もご相談可能

サービス内容

【概要】

PacBio Sequel II(Pacific Biosciences社)を用いてロングリードシーケンスからゲノムアセンブルまで実施します。

【ご依頼方法】

下記いずれのパターンをご希望か記載いただき、生物種の情報とともにお問い合わせください。

(1) シーケンシング(データ取得)のみのご依頼

(2) シーケンシングおよびゲノムアセンブルのご依頼

(3) fastqデータをお預かりし、ゲノムアセンブルのみのご依頼

【サービスの流れ】

(1)DNAサンプル受入

(2)ライブラリ調製およびシーケンシング

・PacBio Sequell II CCS (Hifi read) シーケンス

・PacBio Sequell II CLR シーケンス

※CLRシーケンスをご希望の場合、エラー補正のためショートリードシーケンスを併せて実施することを強く推奨します。

(3)ロングリードアセンブル

ゲノムサイズやヘテロ接合性に依存しますが、弊社の経験上、コンティグのN50が800kb-10Mb、BUCO値が95%以上のアセンブルを取得しています。

(4)[オプション]染色体スキャフォールディング

・近縁種の染色体情報に基づくスキャフォールディング

・Dovetail社 Omni-Cを用いた近接ライゲーション法によるスキャフォールデイング

※その他の手法についてはお問合せください。

(5)遺伝子構造予測

・近縁種の遺伝子情報に基づく遺伝子構造予測

・RNA-seq データを用いた遺伝子構造予測オプション

・近縁種の遺伝子情報およびRNA-seqデータを統合した遺伝子構造予測オプション

(6)遺伝子機能予測

・相同性検索

・ドメイン検索

・相同性に基づいたGO term付与

(7)[オプション]下流解析

・ゲノム構造比較

・遺伝子発現解析

・各種エピゲノム解析その他多用なニーズに対応します

仕様

サンプル種類ゲノムDNA,raw data
解析法該当項目: なし
報告内容該当項目: なし
目安納期該当項目: なし
その他該当項目: なし
メーカー希望小売価格(税別)お問い合わせ下さい
表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
メーカーRhelixa
販売元Rhelixa
メーカーサイト製品ページ
カタログダウンロード
バイオインフォマティクス解析も強力にサポートします。

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