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製品の特長 - Proximo™ Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス
動植物の新規ゲノムを染色体スケールでアセンブリ
高分子DNAの抽出が不要：ホルムアルデヒド固定した細胞/組織を用いて解析
コンタミしたDNAのデータの除去
あらゆるシークエンスプラットフォームのアセンブリに対応： illumina, PacBioなど
概要 - Proximo™ Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス
Phase Genomics社のProximoTMゲノムスキャフォールディング受託解析サービスは、多様な動植物ゲノムにおいて、染色体スケールのスキャフォールディングを行います。Chromosome Conformation Capture法の応用により、ホルムアルデヒド固定をした細胞・組織を用いて、クロスリンクしたクロマチンからDNAライブラリーを作製・シークエンスすることで、各染色体の連続性の情報を取得し、断片化しているコンティグから、染色体スケールのスキャホールドを導きます。
仕様 - Proximo™ Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス
| サンプル種類 | Crosslink処理サンプル 例）植物の葉：0.5g、動物組織：～100μL、培養細胞/血液細胞：50μL *組織サンプルを送付いただく場合、生物種によっては輸出・輸入制限のある場合がありますこと、予めご了承ください |
|---|---|
| 解析法 | Hi-Cライブラリを調製 illumina platform/PE150でデータ取得およびデータ解析 |
| 報告内容 | ライブラリーQC結果、アセンブリ結果 |
| 目安納期 | お問い合わせ |
| その他 | ご提供いただくもの: Draft assembly（FASTA形式） ※ライブラリーQCおよびデータ解析に使用します。 |
| メーカー希望小売価格(税別) | お問い合わせ下さい |
表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
| メーカー | Phase Genomics |
|---|---|
| 販売元 | フィルジェン |
| メーカーサイト | 製品ページ |
| カタログダウンロード | 製品カタログ |
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近接ライゲーションは、短距離、長距離、および超長距離の細胞内DNA接触（上図の黒い円弧）を捕捉するために使用されます。同じ細胞に由来するキメラ接合部を回収してIllumina®シーケンスライブラリを作製し、ペアエンドシーケンスにかけます。ゲノム上の任意の2つの遺伝子座間のゲノム距離が短くなるにつれて、シグナルが増加します。 Proximoプラットフォームは、この情報をスキャフォールドおよびフェーズゲノムアセンブリに外挿します。
注意事項
- 価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
- 表示している参考価格に消費税等は含まれておりません。