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製品の特長

動植物の新規ゲノムを染色体スケールでアセンブリ

高分子DNAの抽出が不要:ホルムアルデヒド固定した細胞/組織を用いて解析

コンタミしたDNAのデータの除去

あらゆるシークエンスプラットフォームのアセンブリに対応: illumina, PacBioなど

概要

Phase Genomics社のProximoTMゲノムスキャフォールディング受託解析サービスは、多様な動植物ゲノムにおいて、染色体スケールのスキャフォールディングを行います。Chromosome Conformation Capture法の応用により、ホルムアルデヒド固定をした細胞・組織を用いて、クロスリンクしたクロマチンからDNAライブラリーを作製・シークエンスすることで、各染色体の連続性の情報を取得し、断片化しているコンティグから、染色体スケールのスキャホールドを導きます。

仕様

サンプル種類Crosslink処理サンプル  例)植物の葉:0.5g、動物組織:~100μL、培養細胞/血液細胞:50μL  *組織サンプルを送付いただく場合、生物種によっては輸出・輸入制限のある場合がありますこと、予めご了承ください
解析法Hi-Cライブラリを調製 illumina platform/PE150でデータ取得およびデータ解析
報告内容ライブラリーQC結果、アセンブリ結果
目安納期お問い合わせ
その他ご提供いただくもの: Draft assembly(FASTA形式) ※ライブラリーQCおよびデータ解析に使用します。
メーカー希望小売価格(税別)お問い合わせ下さい
表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
メーカーPhase Genomics
販売元フィルジェン
メーカーサイト製品ページ
カタログダウンロード製品カタログ

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近接ライゲーションは、短距離、長距離、および超長距離の細胞内DNA接触(上図の黒い円弧)を捕捉するために使用されます。同じ細胞に由来するキメラ接合部を回収してIllumina®シーケンスライブラリを作製し、ペアエンドシーケンスにかけます。ゲノム上の任意の2つの遺伝子座間のゲノム距離が短くなるにつれて、シグナルが増加します。 Proximoプラットフォームは、この情報をスキャフォールドおよびフェーズゲノムアセンブリに外挿します。

近接ライゲーションは、短距離、長距離、および超長距離の細胞内DNA接触(上図の黒い円弧)を捕捉するために使用されます。同じ細胞に由来するキメラ接合部を回収してIllumina®シーケンスライブラリを作製し、ペアエンドシーケンスにかけます。ゲノム上の任意の2つの遺伝子座間のゲノム距離が短くなるにつれて、シグナルが増加します。 Proximoプラットフォームは、この情報をスキャフォールドおよびフェーズゲノムアセンブリに外挿します。

  • 近接ライゲーションは、短距離、長距離、および超長距離の細胞内DNA接触(上図の黒い円弧)を捕捉するために使用されます。同じ細胞に由来するキメラ接合部を回収してIllumina®シーケンスライブラリを作製し、ペアエンドシーケンスにかけます。ゲノム上の任意の2つの遺伝子座間のゲノム距離が短くなるにつれて、シグナルが増加します。 Proximoプラットフォームは、この情報をスキャフォールドおよびフェーズゲノムアセンブリに外挿します。
  • 本サービスは、組織サンプル~解析データまでをフルサポートいたします。 高分子量(HMW)DNAの抽出を必要としない合理化されたプロトコルで、さまざまな動植物に対応可能です。
  • 高品質なリファレンスゲノムを組み立て

様々な生物種のさまざまなサンプルタイプから、高品質なend-to-endの染色体スキャフォールディングを構築します。 
Proximoプラットフォームでリファレンスゲノムが生成または改善された真核生物のリストをご覧ください。
  • 位相ハプロタイプと構造バリアントの検出

Hi-C は短距離と長距離の両方のゲノム連続性を捉えることができます。Hi-Cシグナルは、ゲノム上の任意の2つの遺伝子座の間のゲノム距離が短くなるにつれて増加します。FALCON-Phaseは、この情報をもとにゲノムをフェーズ化します。Proximo SVは、ゲノム全体のバランス転座、クロモスリプシス、コピー数変化など、複雑な再配列を検出します。1回のライブラリ調製でSNV、CNV、SV、位相データを収集します。

Proximoは、段階的なエンドツーエンドの染色体スキャフォールドを生成することにより、ゲノムの複雑性とがんの構造異常を捉えます。

関連の受託サービス一覧

DNAシーケンス

ユーロフィンジェノミクス

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関連の機器一覧

注意事項

  • 価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • 表示している参考価格に消費税等は含まれておりません。