製品の特長 - ProxiMeta™ Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス
混合サンプルを培養せずに解析可能
種/株特異的なアセンブリ: プラスミドおよび宿主生物の関係性も同定
ショットガンシークエンスにより得られたドラフトアセンブリを、Hi-Cシークエンスによりデコンボリューション
既知および新規生物に対応
概要 - ProxiMeta™ Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス
Phase Genomics社の ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービスは、ショットガンおよびHi-Cシークエンスを組み合わせることで、多数の生物が含まれる混合サンプルから、同一細胞内に存在したDNA毎にアセンブルを行います。得られた完全/ほぼ完全な配列をデータベースに照合し、種の同定を行います。新規生物ゲノムについても、アセンブルを行い、近縁種を特定し、新種として同定します。
仕様 - ProxiMeta™ Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス
サンプル種類 | Crosslink処理サンプル
例)微生物ペレット:50μL
*生物種によっては、輸出・輸入制限がある場合がありますこと、予めご了承ください。 |
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解析法 | Hi-Cライブラリを調製 illumina platform/PE150でデータ取得およびデータ解析 |
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報告内容 | ライブラリーQC結果、アセンブリ結果 |
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目安納期 | お問い合わせ |
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その他 | ご提供いただくもの: shotgun draft assembly(FASTA形式)
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メーカー希望小売価格(税別) | お問い合わせ下さい |
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表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
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単一の混合微生物サンプルから近接ライゲーション(Hi-C)ライブラリを生成します。
架橋、消化、キメラジャンクションの作成によって捉えられた相互作用をシークエンスし、ショットガンアセンブリと組み合わせて配列決定および解析が行われます。
本サービスでは、微生物の培養や高分子量(HMW)DNAの抽出を必要としない合理化されたプロトコルで、さまざまなタイプのメタゲノムサンプルに対応します。
当て推量なしで何百もの高品質のゲノムを組み立てる
ビニングによって生成されたMetagenome assembled genomes(MAG)には、ゲノムの断片化および汚染が残ります。 ビニングとは異なり、近接ライゲーションは同じ細胞内に共存する配列の直接的な物理的証拠を提供します。 ProxiMetaはこの情報を利用して、真核生物と原核生物の両方の微生物叢集団メンバーのproximity-assembled genomes(PAG)をクラスタリングします。 各ゲノムは業界をリードする計算ツールを使用して、完全性、汚染、および新規性が評価されます。
ファージを宿主に割り当てる
近接ライゲーションライブラリー調製時、ファージおよびウイルスDNAは、混合微生物試料中の細菌宿主のDNAに架橋されます。これらの相互作用はキメラ接合のシーケンスに取り込まれるため、ProxiMetaアルゴリズムはデコンボリューション解析中にファージを宿主に正確に割り当てることができます。ファージ-宿主の帰属は、単一のHi-Cライブラリーから微生物叢のより正確なビューを生成します。