製品の特長 - プルダウン試料のプロテオミクス
リガンドと相互作用するタンパク質の情報をもれなく出力
LC-MS/MSと配列データベース検索による信頼性の高い同定結果。
微量試料にも適用可能。
比較に供する試料の数に上限がないので、研究の目的と規模に合わせて最適の分析計画を立てることができる。
質量分析による相互作用分子(タンパク質)の同定と計量 - プルダウン試料のプロテオミクス
生体内で発現しているタンパク質は、他の特定のタンパク質や低分子との相互作用を介してその機能を発現しています。相互作用分子を精製するための常法としてプルダウン法が用いられています。通常の実験では、磁性粒子(ビーズ)担体の表面に、研究対象のタンパク質、抗体あるいは合成低分子化合物を固定してから、担体を細胞抽出液などに懸濁します。固定化した分子(リガンド)に比較的強く結合する細胞由来のタンパク質は、ビーズ担体の単離を経て質量分析によって同定されます。
仕様 - プルダウン試料のプロテオミクス
サンプル種類 | ・プルダウン試料(粒子担体の表面にタンパク質が結合した状態)
ヒト、マウスをはじめ、ゲノム配列が解析済みの生物であれば分析可能です。 |
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解析法 | 次の手順で分析します。
1. プロテアーゼによる粒子結合タンパク質の分解
2. ショットガン分析 (LC-MS/MS)
3. LC-MS/MSデータ間のタンパク質計量比較、および配列データベース検索によるタンパク質の同定 |
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報告内容 | ・タンパク質とペプチド断片の各同定計量一覧 (.xlsx)
・分析報告書 (.pdf)
・分析結果の説明資料 (.pptx)
分析結果を取得次第、オンライン会議などを通じて報告いたします。 |
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目安納期 | 約2か月 |
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その他 | プルダウンアッセイ: アッセイ系の構築とプルダウン処理はご依頼者のもとで実施していただきます。専門の他社をご紹介することができます。ご相談ください。
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メーカー希望小売価格(税別) | 250,000円〜 |
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表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
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タンパク質同定の工程
SDS-PAGEで結合分子を分離展開する手順(左)が普及しています。最近ではLC-MS/MSデータの上でペプチド断片の検出強度を比較する方法(右)も実用化されています。それぞれの利点を生かして両者を使い分けます。
プロテオームデータ解析のワークフロー
現在のプロテオミクスが取り扱う情報の量は、質量分析計や各種分離技術の発展に伴ってますます膨大になっています。メディカル・プロテオスコープでは、受託分析を通じてプロテオームの測定データを処理・解析するためのノウハウを蓄積しています。単なるタンパク質同定計量一覧の提供にとどまらず、適切な解析ソフトウェアを用いて重要な候補タンパク質の「見える化」をサポートします。
タンパク質同定計量情報の可視化の例
MAプロット(左)とボルケーノプロット(右)の例を挙げます。いずれの散布図もプロテオームデータ全体を概観するときに便利です。また、候補タンパク質を計量的に絞り込む際の表現方法としても有用です。
ペプチド単位で散布図を作成することも可能です。