製品の特長 - 非標識(ラベルフリー)プロテオミクス
基礎研究ばかりでなく臨床試料の分析にも最適
試料調製の手順が単純。
微量試料にも適用しやすい。
比較的安価で実施することができる。
比較に供する試料の数に上限がないので、研究の目的と規模に合わせて最適の分析計画を立てることができる。
質量分析による発現タンパク質群の同定と計量 - 非標識(ラベルフリー)プロテオミクス
プロテオミクスの第一歩は、対象の生物系に含まれているタンパク質群の発現量や翻訳後修飾の変動を計測することです。この網羅的な分析を効率よく進めるため、メディカル・プロテオスコープでは、液体クロマトグラフィー (Liquid chromatography, LC) とタンデム質量分析 (Tandem mass spectrometry) を連結した質量分析システム (LC-MS/MS) を最適化しています。一度の分析で3000種類を超えるタンパク質の同定・計量結果を出力することができます。
仕様 - 非標識(ラベルフリー)プロテオミクス
サンプル種類 | ・培養細胞
・培養上清
・血漿/血清
・組織試料
・プルダウン試料
・バイオ医薬品(抗体)
など多数。
ヒト、マウスをはじめ、ゲノム配列が解析済みの生物であれば分析可能です。 |
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解析法 | 次の手順で分析します。
1. プロテアーゼによるタンパク質の分解
2. ショットガン分析 (LC-MS/MS)
3. LC-MS/MSデータ間のタンパク質計量比較、および配列データベース検索によるタンパク質の同定 |
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報告内容 | ・タンパク質とペプチド断片の各同定計量一覧 (.xlsx)
・分析報告書 (.pdf)
・分析結果の説明資料 (.pptx)
分析結果を取得次第、オンライン会議などを通じて報告いたします。 |
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目安納期 | 約2か月 |
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その他 | 該当項目: なし
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メーカー希望小売価格(税別) | 250,000円〜 |
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表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
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非標識 (Label-free) LC-MS/MSの原理
各試料から個別にLC-MS/MSデータを取得します。各データに含まれる、ペプチド断片のイオン検出情報を試料間で対応付け、これをもとにして各ペプチドの同定結果と計量値を統合します。
ペプチド単位の比較の結果はタンパク質の同定・計量情報に変換します。以上のデータ処理の工程には専用のソフトウェアを用います。
プロテオームデータ解析のワークフロー
現在のプロテオミクスが取り扱う情報の量は、質量分析計や各種分離技術の発展に伴ってますます膨大になっています。メディカル・プロテオスコープでは、受託分析を通じてプロテオームの測定データを処理・解析するためのノウハウを蓄積しています。単なるタンパク質同定計量一覧の提供にとどまらず、適切な解析ソフトウェアを用いて重要な候補タンパク質の「見える化」をサポートします。
タンパク質同定計量情報の可視化の例
MAプロット(左)とボルケーノプロット(右)の例を挙げます。いずれの散布図もプロテオームデータ全体を概観するときに便利です。また、候補タンパク質を計量的に絞り込む際の表現方法としても有用です。
ペプチド単位で散布図を作成することも可能です。