特長

低価格・高品質なシーケンシング

【概要】

次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現の網羅解析を実施します。

・既知遺伝子の発現定量解析

・未知の発現領域同定と定量

・スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出

【ご依頼方法】

サンプル数、生物種の情報とともにお問い合わせください。

ライブラリー調製方法は下記より選択いただけます。

・真核生物 Poly-A選択法, Strand-specific

・真核生物 rRNA除去法, Strand-specific

・真核生物微量サンプル（SMART-Seqキット使用）

・原核生物 rRNA除去法，Strand-specific

【マイクロアレイとの違い】

特定のRNA配列をキャプチャーするマイクロアレイとは異なり、RNA-seqは転写産物を網羅的に検出することができます。転写産物全体の配列を調べることで未知のmRNAアイソフォームやスプライシングを含めた多くのRNA情報を得られる方法として汎用性が高く、比較可能な公共データが豊富に存在します。

【データ解析】※ご要望のお客様のみ

お客様の研究目的、ご要望に応じて解析内容をデザイン可能です。

・データQC

・リードクリーニング

・マッピング

・リードカウント

・FPKM値/FPKM-UQ値/TPM値の算出

・相関分析

・主成分分析

・階層的クラスタリング

・ヒートマップ描画

・群間比較解析

　－発現変動遺伝子解析（DEG）

　－Volcano Plot, MA plot描画

　－DEG後ヒートマップ描画

　－GeneOntology解析

　－IPAパスウェイ解析

・GSEA解析

・スプライシング解析

・上流因子解析

・融合遺伝子解析

・Transcript SNP解析

・De novo RNA-seq

サンプル種類	total RNA，凍結組織，凍結細胞，fastqデータ
解析法	RNA-seq（Poly-A選択法，rRNA除去法．微量サンプルなど多様な目的に対応）
報告内容	fastqデータ，解析データ，作業完了報告書，Figureなど
目安納期	データ取得：サンプル受領より4週～｜データ解析：お問い合わせ
その他	多検体でさらにディスカウントいたします。ご希望のデータ量により料金は異なります。:
メーカー希望小売価格(税別)	お問い合わせ下さい