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Epitope Mapping (Peptide Scan) - CPAP1：Epitope Mappingは、抗体の結合領域の同定や標的タンパク質の結合配列のスクリーニング解析などに非常に有用なアレイフォーマットです。

Substitution Analysis (Replacement Analysis, Mutational Analysis) - CPAP2 ： Substitution Analysisは、ペプチド配列中のアミノ酸を置換することで、ペプチドに対する置換アミノ酸の影響を解析するために有用なアレイフォーマットです。

Truncation Analysis (Length scan) - CPAP3 ： Truncation Analysisは、ペプチド活性の最短配列の解析などに有用なアレイフォーマットです。

Random Peptide Library - CPAP4 ： ペプチドの初期スクリーニングなど、参照する配列がお決まりでない場合のスクリーニングに適したアレイフォーマットです。

Combinatorial Peptide Library - CPAP5 ： Combinatorial Peptide Libraryは、ペプチド配列の複数のアミノ酸を他のアミノ酸やビルディングブロックへランダムに置換したペプチドライブラリーにて構築されます。

Cluster Peptide Library - CPAP6 ： 配列中に存在するアミノ酸を、類似した性質のアミノ酸へ置換するアレイフォーマットです。

Loop Scan (Cysteine Scan) - CPAP7 ： ループ構造を安定化させたい場合やタンパク質分解に対する耐性を増加させたい場合には、ペプチドを環状化させる方法が有用です。