R-loopは、主に転写に伴って形成されるDNA-RNAハイブリッド構造であり、DNA複製などの過程とも密接に関わっています。正常な細胞機能において重要な役割を担う一方、異常な蓄積はDNA損傷や複製ストレス、DNA修復異常、ゲノム不安定性などとの関連が報告されています。そのため、R-loopの形成位置や分布をゲノムワイドに解析することは、転写制御やゲノム安定性、さらには疾患メカニズムの理解に重要です。

アクティブ・モティフのCUT&Tag R-loop受託解析サービスでは、DNA-RNAハイブリッドを特異的に認識するS9.6抗体を用いてR-loopを検出します。解析にはCUT&Tag法を採用しており、抗体を介してprotein A-Tn5トランスポゼース (pA-Tn5) をR-loop近傍に誘導します。その後、タグメンテーション反応によってDNAの断片化とシーケンスアダプターの付加を同時に行い、NGSライブラリーを調製します。得られたライブラリーをシーケンスすることで、ゲノム上のR-loop形成領域を網羅的にマッピングできます。

本サービスにはSpike-In Controlが含まれています。これにより、サンプル間で生じるシグナル強度の変動を補正し、生物学的な差異をより高い信頼性で比較・評価することが可能です。