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製品の特長

特長

低価格・高品質なシーケンシング

Wet/Dry双方に精通した研究員による事前の技術相談

カスタムメイドでの応用的なバイオインフォマティクス解析もご相談可能

サービス内容

【概要】

DNAと転写因子の複合体を抗体で免疫沈降し、沈降したDNA断片をシーケンスすることで、DNAのどの領域が転写因子と相互作用していたのかを明らかにする手法です。

 

・ゲノム上の転写因子、ヒストン修飾の標的捕捉に

・疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子の定義に

・RNA-seqとの統合解析に

【ご依頼方法】

サンプル数、生物種の情報とともにお問い合わせください。

【ATAC-seqとの違い】

ChIP-seqはATAC-seqと異なり、特定の抗体を用いて免疫沈降を行うことで、特定の転写因子とDNAの相互作用部位を網羅的に明らかにすることが可能です。従い、特定の転写因子やヒストン修飾に興味が定まっている場合に有効な手法となります。

【データ解析】※ご要望のお客様のみ

お客様の研究目的、ご要望に応じて解析内容をデザイン可能です。

・データQC

 -クオリティスコア

 -重複リードの頻度

 -重複リードの分布

・リードクリーニング

・マッピング

・ピークコール

・相関分析

・主成分分析

・階層的クラスタリング

・ヒートマップ描画

・chromHMMクラスタリング

・変動ピーク領域の検出

・群間比較解析

 -Open領域の群間比較解析

 -結合モチーフ解析

 -近傍遺伝子のGO解析

 -IPAパスウェイ解析

・RNA-seqデータとの統合解析

・ChIP-Atlasを用いた既報との比較解析

・スーパーエンハンサーの予測

仕様

サンプル種類ChIP-DNA,fastqデータ
解析法ChIP-seq
報告内容fastqデータ,解析データ,作業完了報告書,Figureなど
目安納期データ取得:サンプル受領より5週~|データ解析:お問い合わせ
その他多検体でさらにディスカウントいたします。ご希望のデータ量により料金は異なります。:
メーカー希望小売価格(税別)お問い合わせ下さい
表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
メーカーRhelixa
販売元
メーカーサイト製品ページ
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バイオインフォマティクス解析も強力にサポートします。

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