PAGETOP

製品の特長

特長

低価格・高品質なシーケンシング

Wet/Dry双方に精通した研究員による事前の技術相談

カスタムメイドでの応用的なバイオインフォマティクス解析もご相談可能

サービス内容

【概要】

オープンクロマチン領域(ヌクレオソームのない領域)の分布を網羅的に解析する手法です。オープンクロマチン領域は、プロモーターやエンハンサーといった遺伝子発現制御領域に対応するもので、エピゲノムの骨格を調べる解析と言えます。

 

・オープンクロマチン領域の網羅的解析に

・疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子の探索に

・RNA-seqとの統合解析に

【ご依頼方法】

サンプル数、生物種の情報とともにお問い合わせください。

【ChIP-seqとの違い】

ATAC-seqはChIP-seqと異なり、調査したい抗体のない生物種でも実施することができます。また、ATAC-seqは免疫沈降が必要ない分、ChIP-seqよりも少ない細胞数で実施可能です。オープンクロマチン領域に見られる塩基配列を網羅的に解析することにより、注目するエピゲノム変化の原因となった転写因子などを予測することができます。

【データ解析】※ご要望のお客様のみ

お客様の研究目的、ご要望に応じて解析内容をデザイン可能です。

・データQC

 -クオリティスコア

 -重複リードの頻度

 -重複リードの分布

・リードクリーニング

・マッピング

・ピークコール

・相関分析

・主成分分析

・階層的クラスタリング

・ヒートマップ描画

・chromHMMクラスタリング

・変動ピーク領域の検出

・群間比較解析

 -Open領域の群間比較解析

 -結合モチーフ解析

 -近傍遺伝子のGO解析

 -IPAパスウェイ解析

・RNA-seqデータとの統合解析

・ChIP-Atlasを用いた既報との比較解析

・スーパーエンハンサーの予測

仕様

サンプル種類凍結細胞,raw data
解析法ATAC-seq
報告内容fastqデータ,解析データ,作業完了報告書,Figureなど
目安納期データ取得:サンプル受領より5週~|データ解析:お問い合わせ
その他多検体でさらにディスカウントいたします。ご希望のデータ量により料金は異なります。:
メーカー希望小売価格(税別)お問い合わせ下さい
表示価格は代表的な仕様のものです。詳細はお問い合わせください。
メーカーRhelixa
販売元
メーカーサイト製品ページ
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バイオインフォマティクス解析も強力にサポートします。

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