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製品の特長

豊富なアプリケーション

遺伝子多型の同定(SNV/InDel, SV, CNV) : 全ゲノムシークエンシング/エクソームシークエンシング/ガンパネル、カスタムパネル/PCRアンプリコン/ロングリードシークエンシング

新規ゲノムの解読 : 全ゲノムシークエンシング/ロングリードシークエンシング(PacBio Sequel、10X Genomics Chromium)/新規転写産物アセンブリ/新規アイソフォームの同定(Iso-Seq)

遺伝子発現解析 : ストランド特異的RNA-Seq/Small RNA-Seq/Non-coding RNA-Seq/Ultra-Low Input RNA-Seq/Single cell RNA-Seq

遺伝子制御機構の解明 : 全ゲノムバイサルファイトSeq (DNAシトシンメチル化解析)/ATAC-Seq (活性クロマチン領域の同定)>調製済みライブラリーを提出/ChIP-Seq / RIP-Seq (タンパク質と核酸の相互作用解析)>免疫沈降済みあるいは調製済みライブラリーを提出

細菌叢、真菌、微生物群集の解析 : 16S / 18S / ITS rRNA 解析/16S全長解析/全メタゲノミクス/メタトランスクリプターゼ

10x Genomics Chromiumによるシングルセルレベルの解析 : Single Cell RNA-Seq: 遺伝子発現解析/CITE-Seq: 細胞表面タンパク質と遺伝子発現の同時解析/V(D)J: B/T細胞の可変領域と遺伝子発現の同時解析/CNV: コピー数多型の同定

sgRNAライブラリスクリーニング

CRISPRジェノタイピング

CRISPRオフターゲット解析

レパトア解析

抗体スクリーニング

応用解析 : mRNAとmicroRNAの相関解析/RNA-SeqとATAC-Seqの融合解析/QTL-Seq/ゲノムワイド関連解析(GWAS)

概要

■保有機種 最新鋭のプラットフォーム

・Illumina NovaSeq 6000 : データ量(フローセル単位) 1.2 TB (S2) / 3.0 TB (S4)

・Illumina HiSeq X Ten : リード数 / データ量 3.5億PEリード / 106 GB

・Illumina HiSeq4000 : リード数 / データ量 2.6億 PEリード / 78GB

・Illumina HiSeq2500 : リード数 / データ量 1.5億 PEリード / 75 GB

・Illumina MiSeq : リード数 / データ数 2,500万 PEリード / 15 GB

・PacBio Sequel : リード数 / データ数 最大50万リード / 5-8 GB

■遺伝子多型の包括的解析

●全ゲノムシークエンシング

・リファレンス配列のある各種生物の変異・多型同定、医薬学から育種分野まで

・疾患関連遺伝子の大規模関連解析、バイサルファイト処理による全メチル化解析、CRISPRオフターゲット探索

・突然変異箇所の同定作業の加速、交配種での有用形質と多型の相関解析(QTL-Seq)

・標準の多型同定には30x カバレッジ、SNV / InDel のほか、SV(構造解析)、CNV(コピー数多型)も標準解析

・リファレンスゲノムのない場合、新規ゲノムアセンブリ;PacBio + Illuminaあるいは10x Genomics Chromium

●全エクソソームシークエンシング(対象はヒトおよびマウス)

・ゲノムの1-2 %を占める、タンパク質のコード領域全体(エクソソーム)のみをシークエンシング

・全ゲノムシークエンシングと比較して、その約1/50の出力で同等のカバレッジを得ることが可能

・塩基置換だけでなく、逆位、転座などの構造多型およびコピー数の多型の検出にも対応

・正常・病理組織の比較など体細胞変異の同定、既知変異の確認、タンパク質機能への影響なども標準解析

・ヒトエクソソーム領域の濃縮にはAgilent社のSuperSelect Human All Exon V6 kitを使用

■RNA-Seq遺伝子発現解析

・変異体と野生型個体との間での遺伝子発現量の差違を調べることで、原因遺伝子の生物学的機能と下流の遺伝経路を推定

・薬剤投与した個体と未処理のコントロールの間で遺伝子発現の変化を解析、これにより、投薬による効果を転写レベルで解明

・RNAウイルスの同定

・コード遺伝子と非コード遺伝子(IncRNA, microRNAなど)の統合的解析にも対応

仕様

サンプル種類次世代シーケンス
解析法次世代シーケンス
報告内容塩基配列解析データ
目安納期シークエンシングのみ(レーン専有>90-100GB) : 10営業日~ シークエンシングのみ(相乗り、1GB単位) : 13営業日~
その他該当項目: なし
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メーカーAzenta
販売元富士フイルム和光純薬
メーカーサイト製品ページ
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