# 背景・原理・用途例
■背景

がん細胞はそのがん化の過程で多くの体細胞遺伝子突然変異を蓄積しており、正常細胞に存在しないアミノ酸変異を伴うタンパク質を発現しています。細胞内のタンパク質はペプチドに分解された後、MHCクラスI分子に結合して細胞表面に提示され、T細胞受容体によって認識されます。このように疾患部位に特異的な体細胞遺伝子変異に基づくアミノ酸変異が起因する抗原決定部位をネオエピトープといい、もともと体内に存在しないペプチドであることから胸腺での免疫寛容の誘導がないため、ネオエピトープを標的とした強い免疫応答を誘導する治療が期待されています（図1）。

■原理　ネオエピトープ解析

個々人の疾患部位に蓄積された遺伝子変異をDNA シーケンス、また活性程度をRNAシーケンスで網羅的に解析し、新たに開発したバイオインフォマティクスソフトウェアを用いて絞り込みます。続いて、どのペプチド断片が個々人の MHCに対して最も親和性が高いかをソフトウエア上で計算します。最終的に数100万種類の遺伝子変異から絞りこまれた数10種類のペプチド断片が、完全個別化された新しいエピトープ、ネオエピトープとなります（図2）。

■用途例

・がん免疫療法への応用

樹状細胞療法などで用いられる「がんライセート」では、がん特異的変異部位ではないペプチドが多数含まれるため、変異タンパクを個々人の樹状細胞に取り込ませる効率性が良くありませんでした。また、自己タンパクを多数含んでいるため、免疫増強法を併用すると自己免疫疾患を誘発するリスクがありました。そのため、あらかじめ変異部位を含むネオエピトープペプチドのみを合成して樹状細胞に提示させ、ネオエピトープに特異的な反応に絞ることで、副作用を抑え、有効な治療効果を向上させることができることが期待できます。

・自己免疫疾患への応用

「がん組織」に限らず、体細胞変異に基づいたネオエピトープを網羅的に解析するため、自己免疫疾患患者における変異部位を特定することが可能となり、その原因と治療ターゲットを明らかにできる可能性があります。


# ご提供いただくもの
サンプル ： Total RNA

サンプル量 ： 1µg以上

サンプル濃度 ： 0.5µg/µl以上（推奨）

純度 ： OD260/OD280=1.8～2.0

ご注意

・RNAの抽出方法は推奨するキットをご使用ください。

・遺伝子発現解析とmiRNA解析では推奨するキットが異なりますのでご注意ください。

・RNAサンプルはDNase-RNaseフリー水に溶解の上、必ず凍結状態で、冷凍便にてご送付ください（予めご相談させていただいた日時指定でご送付ください）。なお、輸送時のトラブルに関し、当社はその責任を負いかねます。

・感染性の高いサンプルはお受けできない場合がございます。ご了承ください。

・ご依頼いただくサンプルがヒトサンプルの場合、サンプル提供者のインフォームドコンセントを得てください。

・お預かりできるサンプルは、文部科学省が「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（通称：カルタヘナ法）」にて定めるP1レベルのものに限らせていただきます。

・サンプルは原則としてご返却いたしかねますので、ご了承ください。

・本受託解析は研究以外の目的（医療診断や医療用品・食品の製造・検査等）には使用しないでください。


# 概要
近年STR型判定によりヒト培養細胞を同定する手法が一般的になっており、ヒト培養細胞の品質管理やiPS研究に利用されています。弊社では世界的基準となっているプロメガ社のSTR分析キットを使用して、提供サンプルのSTR型判定を行います。

●STR分析（10 Locus）

プロメガ社GenePrint 10 Systemを使用して、10Locusについて分析を行います。ヒトゲノム内に存在する10種類のローカス（9種のSTRローカス＋性別同定のためのアメロゲニン [D21S11, TH01, TPOX, vWA, Amelogenin, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317 and D5S818]）を対象とします。


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