# サービス内容
【概要】

PromethION（Oxford Nanopore Technologies社）を用いてロングリードシーケンスからゲノムアセンブルまで実施します。



【ご依頼方法】

下記いずれのパターンをご希望か記載いただき、生物種の情報とともにお問い合わせください。

(1) シーケンシング（データ取得）のみのご依頼

(2) シーケンシングおよびゲノムアセンブルのご依頼

(3) fastqデータをお預かりし、ゲノムアセンブルのみのご依頼



【サービスの流れ】

(1)DNAサンプル受入

(2)ライブラリ調製およびシーケンシング

PromethION（Oxford Nanopore Technologies社）

※エラー補正のためショートリードシーケンスを併せて実施することを強く推奨します。

(3)ロングリードアセンブル

ゲノムサイズやヘテロ接合性に依存しますが、弊社の経験上、コンティグのN50が800kb-10Mb、BUCO値が95%以上のアセンブルを取得しています。

(4)[オプション]染色体スキャフォールディング

・近縁種の染色体情報に基づくスキャフォールディング

・Dovetail社 Omni-Cを用いた近接ライゲーション法によるスキャフォールデイング

※その他の手法についてはお問合せください。

(5)遺伝子構造予測

・近縁種の遺伝子情報に基づく遺伝子構造予測

・RNA-seq データを用いた遺伝子構造予測オプション

・近縁種の遺伝子情報およびRNA-seqデータを統合した遺伝子構造予測オプション

(6)遺伝子機能予測

・相同性検索

・ドメイン検索

・相同性に基づいたGO term付与

(7)[オプション]下流解析

・ゲノム構造比較

・遺伝子発現解析

・各種エピゲノム解析その他多用なニーズに対応します


# サービス内容
【概要】

PacBio Sequel II（Pacific Biosciences社）を用いてロングリードシーケンスからゲノムアセンブルまで実施します。



【ご依頼方法】

下記いずれのパターンをご希望か記載いただき、生物種の情報とともにお問い合わせください。

(1) シーケンシング（データ取得）のみのご依頼

(2) シーケンシングおよびゲノムアセンブルのご依頼

(3) fastqデータをお預かりし、ゲノムアセンブルのみのご依頼



【サービスの流れ】

(1)DNAサンプル受入

(2)ライブラリ調製およびシーケンシング

・PacBio Sequell II CCS (Hifi read) シーケンス

・PacBio Sequell II CLR シーケンス

※CLRシーケンスをご希望の場合、エラー補正のためショートリードシーケンスを併せて実施することを強く推奨します。

(3)ロングリードアセンブル

ゲノムサイズやヘテロ接合性に依存しますが、弊社の経験上、コンティグのN50が800kb-10Mb、BUCO値が95%以上のアセンブルを取得しています。

(4)[オプション]染色体スキャフォールディング

・近縁種の染色体情報に基づくスキャフォールディング

・Dovetail社 Omni-Cを用いた近接ライゲーション法によるスキャフォールデイング

※その他の手法についてはお問合せください。

(5)遺伝子構造予測

・近縁種の遺伝子情報に基づく遺伝子構造予測

・RNA-seq データを用いた遺伝子構造予測オプション

・近縁種の遺伝子情報およびRNA-seqデータを統合した遺伝子構造予測オプション

(6)遺伝子機能予測

・相同性検索

・ドメイン検索

・相同性に基づいたGO term付与

(7)[オプション]下流解析

・ゲノム構造比較

・遺伝子発現解析

・各種エピゲノム解析その他多用なニーズに対応します


# サービス説明
ゲノムDNAを断片化し、ショットガンシーケンシングを実施します。解析対象となる生物種に応じてデータ取得量を決定します。ヒトの場合では150bpペアエンドシーケンス解析、取得データ量は90Gb（ゲノムカバレッジ約30倍）を推奨しています。

データ解析においては、既知のゲノム配列（リファレンス配列）にマッピングし、それぞれの染色体位置において変異が起こっている確率を算出します。

ヒトの場合は変異解析以外にも、染色体の構造変異、コピー数変異の解析が可能です。


# 製品概要
ご提供のgDNAサンプルから、自動化装置を用いてPCRありまたはPCRフリーライブラリを調製し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

参照ゲノムと照合してマッピングを行い、単塩基置換の変異（SNP）、塩基挿入または欠損による遺伝的変異（Indel）、大きな構造変異（Structure variation: SV）、コピー数変異（Copy Number Variations: CNVs）の候補領域を検出します。同一患者様由来の腫瘍-正常のペアサンプルの場合、ソマチックSNP、Indel、SV、CNVの検出の解析も可能です。

ご質問やデモのご依頼など、お気軽にご相談ください。


# 概要
次世代シーケンスにより、ヒトや土壌、海水由来のDNAサンプルからゲノムを網羅的に解析し、様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。研究目的に合わせて、新規の微生物も対象とする「全メタゲノム解析」と、16S rRNA遺伝子領域にフォーカスする「16S rRNAシーケンス」を選択いただけます。

（ご依頼内容により、Theragen Bio.（弊社関係会社、韓国）にて実施する場合があります。）


# 製品概要
ご提供のgDNAサンプルから、自動化装置を用いてライブラリを調製し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

ゲノムアセンブリを行います。データベースとの照合で、菌組成の解析、遺伝子機能を解明することが可能です。

ご質問やデモのご依頼など、お気軽にご相談ください。


# 概要
全ゲノムシーケンス解析では、コーディング領域と非コーディング領域の両方を含む、ゲノムの包括的な特性評価を行います。がんの進行を促す変異の特定や、疾患との遺伝的関連の研究など、幅広いアプリケーションに利用できます。


# サービス概要
BGIは、植物、動物、微生物のDe Novoシーケンスアプリケーション用に、各種のシーケンスプラットフォーム、読み取り長、ペアエンドライブラリオプションを提供しております。

微生物の場合、De Novoの全ゲノムシーケンシングアプリケーション用のライブラリー構築とシーケンシングのみを提供しております。

DNBSEQ™/ Illumina、Nanopore PromethION、PacBio Sequel IIまたはSequelプラットフォームで実行されます。



サンプルの準備とサービス

•ライブラリーの準備（DNBSEQ™/ Illumina、Nanopore PromethION、PacBio Sequel IIなど）

•さまざまなシーケンスモード

•生データ、標準およびカスタマイズされたデータ分析

•利用可能なデータストレージおよびバイオインフォマティクスアプリケーション

De novoシーケンス解析とは、アライメント用のリファレンスシーケンスがない場合に新規ゲノムをシーケンスすることを指します。De novoシーケンス解析のプロセスには、小さなDNAフラグメントのシーケンシング、リードをより長いシーケンス（コンティグ）に組み立て、最後にコンティグを配列し、全ゲノムシーケンスを取得することが含まれます。

BGIは、全ゲノムde novoシーケンス解析において、100 種を上回る生物種で幅広い経験を持っています。 現在、BGIとそのパートナーは70％の高等植物及び動物のゲノムシーケンス解析をされています（未発表の種を含む）。

弊社は、研究者の皆様に最適なシーケンスおよびバイオインフォマティクスオプションとテクノロジーをご提供し、De novoシーケンスプロジェクトをサポートします。


# 製品概要
ご提供のgDNAサンプルから、自動化装置を用いてPCRありまたはPCRフリーライブラリを調製し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

ご提供の参照ゲノムと照合してマッピングを行い、単塩基置換の変異（SNP）、塩基挿入または欠損による遺伝的変異（Indel）の候補領域を検出します。

＜オプション＞

大きな構造変異（Structure variation: SV）、コピー数変異（Copy Number Variations: CNVs）の候補領域を検出します。

ご質問やデモのご依頼など、お気軽にご相談ください。



対応可能のプラットフォーム：

DNBSEQ-T7、DNBSEQ-G400、NovaSeq、HiSeq X Ten


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