# 概要
■保有機種　最新鋭のプラットフォーム

・Illumina NovaSeq 6000　：　データ量(フローセル単位) 1.2 TB (S2) / 3.0 TB (S4)

・Illumina HiSeq X Ten　：　リード数 / データ量 3.5億PEリード / 106 GB

・Illumina HiSeq4000　：　リード数 / データ量 2.6億 PEリード / 78GB

・Illumina HiSeq2500　：　リード数 / データ量 1.5億 PEリード / 75 GB

・Illumina MiSeq　：　リード数 / データ数 2,500万 PEリード / 15 GB

・PacBio Sequel　：　リード数 / データ数 最大50万リード / 5-8 GB

■遺伝子多型の包括的解析

●全ゲノムシークエンシング

・リファレンス配列のある各種生物の変異・多型同定、医薬学から育種分野まで

・疾患関連遺伝子の大規模関連解析、バイサルファイト処理による全メチル化解析、CRISPRオフターゲット探索

・突然変異箇所の同定作業の加速、交配種での有用形質と多型の相関解析(QTL-Seq)

・標準の多型同定には30x カバレッジ、SNV / InDel のほか、SV(構造解析)、CNV(コピー数多型)も標準解析

・リファレンスゲノムのない場合、新規ゲノムアセンブリ；PacBio + Illuminaあるいは10x Genomics Chromium

●全エクソソームシークエンシング(対象はヒトおよびマウス)

・ゲノムの1-2 %を占める、タンパク質のコード領域全体(エクソソーム)のみをシークエンシング

・全ゲノムシークエンシングと比較して、その約1/50の出力で同等のカバレッジを得ることが可能

・塩基置換だけでなく、逆位、転座などの構造多型およびコピー数の多型の検出にも対応

・正常・病理組織の比較など体細胞変異の同定、既知変異の確認、タンパク質機能への影響なども標準解析

・ヒトエクソソーム領域の濃縮にはAgilent社のSuperSelect Human All Exon V6 kitを使用

■RNA-Seq遺伝子発現解析

・変異体と野生型個体との間での遺伝子発現量の差違を調べることで、原因遺伝子の生物学的機能と下流の遺伝経路を推定

・薬剤投与した個体と未処理のコントロールの間で遺伝子発現の変化を解析、これにより、投薬による効果を転写レベルで解明

・RNAウイルスの同定

・コード遺伝子と非コード遺伝子(IncRNA, microRNAなど)の統合的解析にも対応


# 概要
次世代シーケンサー（NGS）を使用した変異解析や発現解析などの各種受託解析を承っております。解析用途に合わせたライブラリー作製の工程のみの受託、あるいは作製されたライブラリーをお預かりしてシーケンスのみの受託も対応しております。

NGSを用いた解析を日々行っている皆様から、これからNGSの利用を考えている皆様まで、幅広くご利用いただけるサービスをご用意いたしました。なお、本サービスは、NGSを用いたゲノム解析で数多くの成果を上げているかずさDNA研究所の協力のもとで提供しております。

● 使用機器

NextSeq 2000, NextSeq 500, MiSeq［イルミナ社］

PacBio Sequel II、PacBio Sequel IIe [PacBio社]

DNBSEQ-G400RS [MGI社]

● １細胞NGS 解析（RNA-seq、TCR、BCR） も承っております。詳細はお問い合せください。


# サービス概要
DNAのシトシンの5位のメチル化（5-メチルシトシン：5mC）は、安定したエピジェネティックな修飾であり、遺伝子サイレンシング、トランスポーザブルエレメントの抑制、ゲノムインプリンティング、およびX染色体の不活性化など、多くの生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たしています。メチル化の検出と定量は、遺伝子発現やエピジェネティックな制御を受けるその他のプロセスを理解する上で極めて重要です。全ゲノムバイサルファイトシ－ケンス解析（WGBS）は、シーケンシングを行う前にDNAを重亜硫酸ナトリウムで処理することにより、メチル化シトシンを検出します。

WGBSは、ゲノム全体にわたるメチル化を一塩基分解能で研究するためのゴールドスタンダードとなっています。


# サービス概要
DNAメチル化は、DNA配列の変化を伴わずに、様々な生命現象の遺伝子発現や表現型に関わる制御機構です。

　DNAメチル化は、CpGアイランドと呼ばれるシトシンの次にグアニンが現れるタイプの2塩基配列の部分などにメチル基が付加される化学反応であり、エピジェネティクスに深く関与しています。



　このDNAのメチル化解析を、バイサルファイトシーケンスにより実施しています。

　ゲノムDNAに対してバイサルファイト処理を行うと、メチル化シトシンは変換されず、非メチル化シトシンがウラシルに変換されます（シーケンス反応ではウラシルはチミンとして検出されます）。このようにメチル化シトシンが変換されないことを利用し、処理前後のシトシン／ウラシル（チミン）の配列差を見分けることで、塩基レベルでメチル化の有無や部位を精度良くゲノムワイドに解析します。



　また、各塩基におけるメチル化の有無の比率をリード数から算出することで、メチル化修飾率を定量的に解析することも可能です。


# 製品概要
全ゲノムバイサルファイトシーケンス（WGBS）は、次世代シーケンス（NGS）とゲノムワイド解析の能力を活用し、一塩基単位の解像度でゲノム網羅的にメチル化パターンの包括的な見解を提供します。

ご提供のgDNAサンプルから、メチル化ライブラリを作成し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

マッピング、メチル化レベルの算出、DMS/DMR/DMPの検出、機能エンリッチメント解析等。

解析内容の詳細やデモレポートのご依頼など、お気軽にご相談ください。


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