# 概要
抗原を認識するためのT細胞受容体(TCR)のクローン特異的CDR3配列の存在比率を網羅的に解析し、レパートリーの多様性を報告いたします。 抗原特異的あるいは腫瘍特異的抗体遺伝子の同定、免疫療法の有効性評価など、幅広くご活用いただけます。

●サービス内容

供与細胞またはtotal RNAから、TCRα、TCRβ受容体領域についてSMARTer Human/Mouse TCR a/b Profiling Kitを用いてシーケンスライブラリーの調製を行い、次世代シーケンサーを用いて配列を解析します。得られた配列をもとに多様性の解析を行います。


# 概要
■保有機種　最新鋭のプラットフォーム

・Illumina NovaSeq 6000　：　データ量(フローセル単位) 1.2 TB (S2) / 3.0 TB (S4)

・Illumina HiSeq X Ten　：　リード数 / データ量 3.5億PEリード / 106 GB

・Illumina HiSeq4000　：　リード数 / データ量 2.6億 PEリード / 78GB

・Illumina HiSeq2500　：　リード数 / データ量 1.5億 PEリード / 75 GB

・Illumina MiSeq　：　リード数 / データ数 2,500万 PEリード / 15 GB

・PacBio Sequel　：　リード数 / データ数 最大50万リード / 5-8 GB

■遺伝子多型の包括的解析

●全ゲノムシークエンシング

・リファレンス配列のある各種生物の変異・多型同定、医薬学から育種分野まで

・疾患関連遺伝子の大規模関連解析、バイサルファイト処理による全メチル化解析、CRISPRオフターゲット探索

・突然変異箇所の同定作業の加速、交配種での有用形質と多型の相関解析(QTL-Seq)

・標準の多型同定には30x カバレッジ、SNV / InDel のほか、SV(構造解析)、CNV(コピー数多型)も標準解析

・リファレンスゲノムのない場合、新規ゲノムアセンブリ；PacBio + Illuminaあるいは10x Genomics Chromium

●全エクソソームシークエンシング(対象はヒトおよびマウス)

・ゲノムの1-2 %を占める、タンパク質のコード領域全体(エクソソーム)のみをシークエンシング

・全ゲノムシークエンシングと比較して、その約1/50の出力で同等のカバレッジを得ることが可能

・塩基置換だけでなく、逆位、転座などの構造多型およびコピー数の多型の検出にも対応

・正常・病理組織の比較など体細胞変異の同定、既知変異の確認、タンパク質機能への影響なども標準解析

・ヒトエクソソーム領域の濃縮にはAgilent社のSuperSelect Human All Exon V6 kitを使用

■RNA-Seq遺伝子発現解析

・変異体と野生型個体との間での遺伝子発現量の差違を調べることで、原因遺伝子の生物学的機能と下流の遺伝経路を推定

・薬剤投与した個体と未処理のコントロールの間で遺伝子発現の変化を解析、これにより、投薬による効果を転写レベルで解明

・RNAウイルスの同定

・コード遺伝子と非コード遺伝子(IncRNA, microRNAなど)の統合的解析にも対応


# サービスの概要
免疫レパートリーシークエンシングは、適応免疫応答の理解を深めるのに役立ちます。ReptorTMは、Abterra bio社との業務提携による抗体レパートリーシークエンス解析サービスで、NGSと独自のソフトウェアを利用したB細胞受容体シークエンシング、レパートリー構造、そして解析までのフルサービスを提供しています。


# 概要
■用途例

悪性リンパ腫白血病 ： TCR、BCR ： 腫瘍細胞のTCR、BCR遺伝子をクローンレベルで決定、追跡、微笑残存病変の検出

免疫チェックポイント阻害薬 ： TCR ： 腫瘍特異点TCRの検出、有効性評価

骨髄移植 ： TCR、BCR ： レパトアの多様性から免疫能回復を評価

がんワクチン免疫細胞療法 ： TCR ： 腫瘍特異点TCRの検出、有効性評価

感染症 ： TCR、BCR ： ウイルス特異点TCRの同定、ウイルス抗原特異点抗体遺伝子の同定

自己免疫疾患 ： TCR、BCR ： 自己反応性T細胞や自己抗体遺伝子の同定

消化管免疫 ： TCR、BCR ： レパトアと腸内細菌蕞の関連性を評価

開発支援 ： TCR、BCR ： TCR遺伝子治療法、新規CAR-T、抗体医薬等

■ご提供いただくもの

・ヘパリン等で凝固防止された血液

・RNAlater等のRNA安定化試薬で保管された組織検体

・ISOGEN等のRNA抽出試薬で溶解された検体

・ご自身で抽出されたTotal RNA

※ Total RNAは大変分解されやすいものであり、分解されてしまいますと良好な解析結果を得ることができません。

検体を適切に処理、発送するためのプロトコールをレパトアジェネシスホームページ内に準備しております。

検体処理を開始する前に必ずご確認ください。


# 概要
T/B細胞は、細胞膜上に発現しているTCR/BCRによって抗原を認識します。あらゆる抗原に反応するために、遺伝子再構成によるTCR/BCRの多様性(レパトア)が生み出されます。「TCR/BCRレパトア解析」によって、生体内での免疫状態変化のモニタリングや、疾患に関連するリンパ球の同定を行うことができます。  



◇解析内容

ヒトおよびマウスの末梢血単核球（PBMC）や組織から抽出されたRNAを用いて、次世代シーケンスにより定量的にTCRやBCRの遺伝子配列を決定し、リンパ球クローンの種類や頻度を解析します。



解析対象

TCR：α鎖、β鎖

BCR：重鎖（IgG、IgM、IgA、IgE）、軽鎖（IgK、IgL）


受託カタログ

レパトア解析サービス一覧

T細胞レパトア解析（T細胞受容体多様性解析）

Azentaの次世代シーケンス受託サービス

Reptor™ 免疫レパートリーシークエンス受託解析サービス

非バイアス次世代 TCR/BCRレパトア解析

TCR/BCRレパトア解析