# 概要
エピトープマッピングは抗原上の抗体結合部位を同定するための手法ですが、受容体とリガンドのようなタンパク質間の相互作用解析にも使用されます。特異的な抗原結合領域や抗体のエピトープを決定することは抗体ベースの試験だけでなく、診断アプリケーション、ワクチン開発、タンパク質相互作用の解析、自己免疫疾患の研究等に有用です。

本サービスでは、お客様のご要望により重複ポリペプチド合成をデザインして合成します。このポリペプチドをネガティブコントロール（関連のないランダムペプチド）やポジティブコントロール（全長タンパク質）と共にガラススライド上に三重にアレイします。アレイをブロッキング後、重複ペプチドアレイに標的蛋白に対する一次抗体、ビオチン標識二次抗体を順次添加してインキュベートします。ウォシュ作業後にエピトープに結合した抗体を蛍光 Cy3 結合ストレプトアビジンによって検出します。各ペプチドスポットの蛍光はレーザースキャナーでキャプチャーし、強いシグナルを放つ陽性ペプチドを独自のソフトウェアで更に解析します。


# 概要
Kinexus社では、プロテオミクスサービスを総合的にサポートするため、ペプチドアレイ作製サービスを提供しております。

ペプチドアレイは、タンパク質間相互作用や薬物-タンパク質間相互作用の解析において有用なツールです。

■アレイの内容

Kinexus社では、スクリーニングの目的に応じて、様々なアレイフォーマットでの作製を承っております。

アレイフォーマットは、下記よりご選択ください。


# 本解析サービスのアプリケーション
リニアエピトープマッピング

本アプリケーションでは、精製抗体および血清中の抗体サンプルの標的エピトープの同定を可能にします。お客様からご提供いただくペプチド配列を基にアレイスライド上に15aaのペプチド鎖長でプリントし、さらに14aaのオーバーラップペプチド（1シフト）をプリントすることで高解像度なエピトープ解析を実現しています。搭載されるペプチドは全て直鎖状でプリントされ、作製されたペプチドアレイと抗体または血清、それに対する二次抗体をインキュベートすることで、エピトープと関連するスポットパターンを取得します。なお、ご希望に合わせてペプチド鎖長、オーバーラップ長などをカスタマイズすることもできます。



立体配座エピトープマッピング

治療用抗体は、しばしばタンパク質の立体構造を認識して結合するため、直鎖ペプチドでのマッピングでは結合が確認されない場合があります。本アプリケーションは、強制環状ペプチドをアレイ上にマッピングすることで、エピトープのループ構造を模倣します。

ペプチドは通常チオエーテル環化反応を利用してN末端とC末端の環状化を行っていますが、ご希望があれば、ジスルフィド結合を利用したSS環状ペプチドとしてプリントすることも可能です。ただし、ジスルフィド結合で環化を行う場合は、ペプチド内部にシステインが含まれていないことが条件となります。含まれている場合は、システインはセリンに置換した状態でペプチドのデザインが行われます。

高解像度な立体配座エピトープ解析を実施するため、通常は標的抗原配列を、7aa、10aa、13aaの3パターンのペプチド鎖長（それぞれ6aa、9aa、12aaのオーバーラップペプチド）に変換され、異なるループサイズを模倣して解析が行われます。



エピトープ置換スキャン

本アプリケーションでは特定のエピトープあるいはすべてのペプチド配列のアミノ酸部位を置換して、解析を行うことでエピトープにおける保存および可変アミノ酸領域の同定やエピトープ変異体または新規ミモトープの同定、抗体の選択性・交差反応性、またはペプチドワクチン・ペプチドバインダーの開発等の研究に利用できます。1残基または2残基ずつペプチドのアミノ酸を置換して解析を行うことが可能です。通常は単一置換スキャンで解析を実施しますが、ご希望に合わせて二重置換で解析を実施することも可能です。


# 基本サービス
●エピトープアレイ ：新規抗体の抗原同定/抗体の結合定数の測定/抗体の交差反応のチェック/血清や組織、細胞からのバイオマーカーの探索/抗体のプロファイリング

●プロテインキナーゼアレイ ：目的のキナーゼの基質特異性を網羅的にマッピング/セルライセートや未知タンパク質から新規キナーゼの探索/目的タンパク質の、りん酸化部位のマッピング/数百種類の基質配列に対するプロテインキナーゼの反応速度 Km、Vmaxを網羅的に解析/複数のプロテインキナーゼの活性を測定し、比較/りん酸化パターンを比較し、新規バイオマーカーの探索やシグナルパスウェイの解析等

●りん酸化ペプチドアレイ ：フォスファターゼの基質特異性および活性測定/りん酸化ペプチド結合タンパク質のプロファイル/りん酸化ペプチド結合のタンパク質の基質特異性のスクリーニング

●プロテアーゼアレイ ：プロテアーゼの発現プロファイリング/プロテアーゼの基質特異性のプロファイリング

●ユビキチンアレイ ：ユビキチン化、SUMO化タンパク質のプロファイリング


受託カタログ

ペプチドアレイサービス一覧

エピトープマッピング解析受託サービス

KINEXUS社:ペプチドアレイ作製サービス

PEPperMAPⓇ Peptide Microarray 受託解析サービス

ペプチドアレイ解析