# ご提供いただくもの
・糞便、唾液など菌が多数含まれる検体

・生体内洗浄液、手術検体※

・発酵食品、環境（土壌、水、空気）検体等

腸内細菌の場合は糞便、口腔内細菌の場合は唾液の採取となります。

このほかにも菌叢が存在する検体でしたら承りますのでご連絡ください。

※細菌由来のgDNAが全gDNA量の0.5％未満の場合、増幅が困難な場合がございます。実施可能か検討致しますので、ご注文の前に必ずお問い合わせください。

菌叢解析の注意点として、検体は必ず冷凍で保管、輸送してください。温度が上昇すると菌叢が変化する可能性があり、正しく評価を行うことができません。


# 背景・原理・用途例
■背景

がん細胞はそのがん化の過程で多くの体細胞遺伝子突然変異を蓄積しており、正常細胞に存在しないアミノ酸変異を伴うタンパク質を発現しています。細胞内のタンパク質はペプチドに分解された後、MHCクラスI分子に結合して細胞表面に提示され、T細胞受容体によって認識されます。このように疾患部位に特異的な体細胞遺伝子変異に基づくアミノ酸変異が起因する抗原決定部位をネオエピトープといい、もともと体内に存在しないペプチドであることから胸腺での免疫寛容の誘導がないため、ネオエピトープを標的とした強い免疫応答を誘導する治療が期待されています（図1）。

■原理　ネオエピトープ解析

個々人の疾患部位に蓄積された遺伝子変異をDNA シーケンス、また活性程度をRNAシーケンスで網羅的に解析し、新たに開発したバイオインフォマティクスソフトウェアを用いて絞り込みます。続いて、どのペプチド断片が個々人の MHCに対して最も親和性が高いかをソフトウエア上で計算します。最終的に数100万種類の遺伝子変異から絞りこまれた数10種類のペプチド断片が、完全個別化された新しいエピトープ、ネオエピトープとなります（図2）。

■用途例

・がん免疫療法への応用

樹状細胞療法などで用いられる「がんライセート」では、がん特異的変異部位ではないペプチドが多数含まれるため、変異タンパクを個々人の樹状細胞に取り込ませる効率性が良くありませんでした。また、自己タンパクを多数含んでいるため、免疫増強法を併用すると自己免疫疾患を誘発するリスクがありました。そのため、あらかじめ変異部位を含むネオエピトープペプチドのみを合成して樹状細胞に提示させ、ネオエピトープに特異的な反応に絞ることで、副作用を抑え、有効な治療効果を向上させることができることが期待できます。

・自己免疫疾患への応用

「がん組織」に限らず、体細胞変異に基づいたネオエピトープを網羅的に解析するため、自己免疫疾患患者における変異部位を特定することが可能となり、その原因と治療ターゲットを明らかにできる可能性があります。


# 概要
免疫応答に関連する遺伝子の発現量を評価する方法としてFACS（フローサイトメトリー）解析が昔から使われていますが、多くの細胞数が必要であること、細胞内発現タンパク質について評価することが難しいなど、いくつかの制限がありました。そのような中、タンパク質の発現量とmRNAの発現量は相関することが知られており、また細胞間で発現量が安定している標準遺伝子（ハウスキーピング遺伝子：HKG）を補正値として用いることで、正確に免疫関連遺伝子の活性化（発現量の増加等）を評価できるようになりました。

■用途例

・TCR/BCRレパトア解析とあわせた免疫学的機能解析

レパトア解析によって、活性化している特異的T細胞を特定した後、さらにそのT細胞集団がどのような免疫学的性質を示しているか調べることができます。

例えば炎症部位において細胞性免疫が関与する場合、ソートサンプルを用意しなくても本解析によりCD4やCD8の割合、Th1もしくはTh2型のサイトカインの産生プロファイルを評価することができます。

・ご希望の遺伝子について発現状況を確認

マイクロアレイを実施するには検体数が多く、測定したい項目は多くないなど、小回りが利く実験に適しています。

評価したい遺伝子情報をお伝え頂き、弊社に検体を発送するだけで、その後の特異的プライマー設計、スタンダードサンプル作成等は、弊社で承ります。

■ご提供いただくもの

1.Total RNAが安定化されている検体、抽出済Total RNA

RNAは大変分解されやすいものです。検体は必ずRNA later等のRNA 安定化試薬に浸漬保存してください。

詳しい検体採取方法につきましては、Repertoire Genesisのホームページより検体採取プロトコールが入手できますので、必ずご参照ください。


# 概要
■用途例

悪性リンパ腫白血病 ： TCR、BCR ： 腫瘍細胞のTCR、BCR遺伝子をクローンレベルで決定、追跡、微笑残存病変の検出

免疫チェックポイント阻害薬 ： TCR ： 腫瘍特異点TCRの検出、有効性評価

骨髄移植 ： TCR、BCR ： レパトアの多様性から免疫能回復を評価

がんワクチン免疫細胞療法 ： TCR ： 腫瘍特異点TCRの検出、有効性評価

感染症 ： TCR、BCR ： ウイルス特異点TCRの同定、ウイルス抗原特異点抗体遺伝子の同定

自己免疫疾患 ： TCR、BCR ： 自己反応性T細胞や自己抗体遺伝子の同定

消化管免疫 ： TCR、BCR ： レパトアと腸内細菌蕞の関連性を評価

開発支援 ： TCR、BCR ： TCR遺伝子治療法、新規CAR-T、抗体医薬等

■ご提供いただくもの

・ヘパリン等で凝固防止された血液

・RNAlater等のRNA安定化試薬で保管された組織検体

・ISOGEN等のRNA抽出試薬で溶解された検体

・ご自身で抽出されたTotal RNA

※ Total RNAは大変分解されやすいものであり、分解されてしまいますと良好な解析結果を得ることができません。

検体を適切に処理、発送するためのプロトコールをレパトアジェネシスホームページ内に準備しております。

検体処理を開始する前に必ずご確認ください。


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