# サービスの概要
■発現変動遺伝子抽出

発現変動の見られる遺伝子を抽出します。条件間で、コントロールに対して発現変動する遺伝子を、Fold Change (2個体間 (1:1) 比較)、t検定 (群間比較)、ANOVA (3群以上の場合) やクラスタリングなどにより抽出します。



■GO解析

GO解析は、発現変動遺伝子群やクラスター解析によりグループ化された遺伝子群など、着目した遺伝子群を対象として統計的な評価に基づき、特徴的なGO Termを抽出することができます。これにより発現値から生物学的な現象を捉えることをサポートすることが可能となります。

弊社ではGeneSpring GX付属のGO Analysisツールを用い、発現変動遺伝子リスト中に特徴的なGO Termを抽出します。



■Pathway解析

Pathwayとはヒト、マウス、ラットなど25生物種、1,500以上のPathwayが登録されており、生体を維持・活動していくのに必要な生命現象を抑制している、生物学的過程・経路のことです。発現値が変動した遺伝子（例えば高発現、低発現の遺伝子）が有意に多く含まれるPathwayを統計的に抽出致します。解析に使用した全遺伝子をWikiPathwaysのPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成致します。



■クラスター解析・主成分分析

・クラスター解析

階層的クラスタリングではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか検証します。また、サンプルの類似度比較により、どのサンプルグループの距離が近いのかを検証します。



・主成分分析

データを空間にプロットすることでその分布から軸を作ります。これによりデータがもつ変動がどういった要因にどの程度影響を与えているかを検証します。



■図表作成

論文に必要な図表の作成を行います。論文を参考にした図表作成についてもご相談ください。



■GEO登録代行

論文を投稿する場合、マイクロアレイデータをNCBI GEOに登録する必要があります。

複雑な登録作業やGEOキュレーターとの対応を代行し、迅速にデータを登録できるようお客様をサポート致します。


# 概要
10x GenomicsのChromiumシングルセル遺伝子発現システムを用い、シングルセルの特性解析および遺伝子発現プロファイリングを行います。不均一な細胞集団の特徴を詳細に評価することができます。

（本項目は、Theragen Bio.（弊社関係会社、韓国）にて実施いたします。） 



シーケンスのみのご依頼の場合は、国内（自社）で実施いたします。


# サービスの概要
■QX200 Droplet Digital PCRシステム（バイオ・ラッド・ラボラトリー社）

・ドロップレット方式（液滴数：20,000）

・検出法：TaqMan法、EvaGreen法（SYBR法）いずれも可能。


# 製品概要
メタトランスクリプトーム解析は、複雑なサンプル中の微生物群によってコードされたすべてのRNAを含み、環境または宿主の条件の変化に反応して生じる転写物量の変化を定量化します。

ご提供のTotal RNAサンプルから、rRNAを除去してから、メタトランスクリプトームRNA-Seqのライブラリを調製し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

トランスクリプトームアセンブリ、遺伝子機能アノテーション、系統解析、発現量解析、発現相違解析（2サンプル以上）等。

解析内容の詳細やデモレポートのご依頼など、お気軽にご相談ください。


# サービスの概要
■RT2 Profiler PCR Array & miScript miRNA PCR Arrays（QIAGEN社）



・QIAGEN社が選定した遺伝子群（各種パスウェイに特異的な遺伝子）をSYBR法により一括で測定することが可能

・対応するパスウェイは約200種類

・特定の遺伝子のみを搭載したカスタムPCR  Arrayを作成し解析することも可能

・ 96wellおよび384wellプレートタイプでの解析



■使用機器

<Applied Biosystems® 7500（Thermo Fisher Scientific 社）リアルタイムPCRシステム>

・96wellプレートタイプ

・検出法はTaqMan法、SYBR法いずれも可能

・定量方法がThreshold法に基づいた方法

・QIAGEN社 PCR Array対応可能

・ABI純正試薬の使用実績が豊富



<LightCycler® 480（Roche Diagnostics社）リアルタイムPCRシステム>

・96および384プレートタイプ

・検出法はTaqMan法、SYBR法いずれも可能

・定量方法が2nd derivative maximum法に基づいた方法

・QIAGEN社 PCR Array対応可能


# 製品概要
ご提供のTotal RNAサンプルから、rRNAを除去してから、原核生物RNA-Seqのライブラリを調製し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

マッピング、遺伝子発現量解析、新規トランスクリプトームの予測、発現相違解析（2サンプル以上）、GO/KEGGエンリッチメントの相違解析（2サンプル以上）、sRNA二次構造の予測、SD Sequenceの予測等。

解析内容の詳細やデモレポートのご依頼など、お気軽にご相談ください。


# 製品概要
ご提供のTotal RNAサンプルから、Small RNAライブラリを調製し、NovaSeq/SE50のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

マッピング、既存のmiRNA,rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,non-coding RNAの識別、新規miRNAの予測、発現量の算出（TPM）、GO/KEGGエンリッチメントの相違解析（2サンプル以上）等。

解析内容の詳細やデモレポートのご依頼など、お気軽にご相談ください。


# 製品概要
ご提供のTotal RNAサンプルから、Non-directionalライブラリ/ストランド特異性ライブラリ/rRNA除去法のライブラリを調製し、NovaSeq/PE150のシーケンス方法で解析を行います。

以下は標準解析の解析内容です。

・　レファレンスゲノムはご提供可能な場合

マッピング、遺伝子定量解析（FPKM、Readcountの算出）、発現相違解析（2サンプル以上）、選択的スプライシング、GO/KEGGエンリッチメント解析（2サンプル以上）、変異コール等

・　レファレンスゲノムのご提供はできない場合

トランスクリプトームアセンブリ、機能アノテーション、CDSの予測、遺伝子定量解析、発現相違解析（2サンプル以上）、GO/KEGGエンリッチメント比較解析（2サンプル以上）等

解析内容の詳細やデモレポートのご依頼など、お気軽にご相談ください。



対応可能のプラットフォーム：

DNBSEQ-T7、DNBSEQ-G400、NovaSeq、HiSeq X Ten


# サービス説明
リアルタイムPCR法を用いて網羅的に遺伝子発現解析します

キアゲン社、サーモフィッシャーサイエンティフィック社の製品を利用したサービスです

解析対象はパスウェイ関連遺伝子、がん、免疫、神経、薬物動態、バイオマーカーなど、特定のテーマで絞り込んだ遺伝子群です

1回の解析で最大372の遺伝子発現解析が可能です

遺伝子セット総数は250以上、豊富な選択肢を用意しています


# サービス説明
解析対象の遺伝子の発現量をTaqMan Probe Assayで相対定量します。蛍光強度を指標に、解析対象遺伝子の増幅量をリアルタイムにモニタリングします。ある一定の蛍光強度に達した時点の増幅サイクル数（Ct値：Threthold cycle）を計測します。

解析対象遺伝子のCt値は内部標準遺伝子のCt値によって補正され（ΔCt値）、サンプル間の遺伝子発現をそれぞれのΔCt値で比較します（ΔΔCt法）。

TaqMan Probe AssayではPCRの増幅ターゲット領域内に特異的なプローブを設計することで、非特異的増幅によるデータ誤りのリスクを排除できます。

弊社では1検体あたりの増幅反応数を4と設定しております。これにより、安定したデータをご利用いただくことが可能になります。


受託カタログ

RNA-Seqサービス一覧