# 発現量算出はパッケージ内！発現比較解析をはじめとした追加解析も取り揃えています。
ファスマック社のNGS解析担当者宛に解析条件（サンプル形態、解析の長さ、リード数またはギガ数、ランの有無、サンプルの発送状態、サービス項目、解析内容）をメールに記載して頂きご連絡ください。

E-mail：ngs@fasmac.co.jp

その後、お見積書をお送りさせて頂きますので、内容がよろしければ見積番号とともにご注文ください。



対応可能のプラットフォーム：

DNBSEQ-T7、DNBSEQ-G400、NovaSeq、HiSeq X Ten


# 保有機種
Miseqシリーズから、上位機種であるHiseq Xシリーズ、最新機種のNovaSeq6000を保有。また、Pacific Biosciences社のPacBio Sequel Systemを所有しております。

PacBioシーケンス

特長

・従来のシーケンサーと比較し、圧倒的に長いリード (最大60kbp)が取得可能

・ライブラリー作製時にPCRを行わないため、GCバイアスの影響がない

・超ロングロード解析により、リピート領域全体を決定することが可能


# 概要
RNAシーケンス解析は、細胞中に存在する既知の遺伝子転写産物（トランスクリプトーム）を網羅的に配列・発現解析し、定量化することができます。従来のマイクロアレイ等の手法に比べて新規の転写産物やスプライシングバリアント、融合遺伝子等を高精度に検出することができます。

【使用試薬】

TruSeq Stranded mRNA

TruSeq Stranded Total RNA

TruSeq RNA Exome

【使用機器】

NovaSeq 6000、NextSeq 500 （Illumina社）

【データ解析】

遺伝子発現解析（RNAシーケンス解析）

RNAシーケンスデータから遺伝子発現量（FPKM）を解析します。

ご指定がない場合は、シーケンス報告書及びシーケンス結果のみご報告いたします。

上記以外も柔軟にご対応させていただきます。詳細はお問い合わせください。


# サービス概要
マイクロアレイ発現解析と同様に、各 miRNA のシグナル強度（数値）をご報告します。

さらに、差のある miRNA については、TargetScan を用いて 各miRNAが制御する可能性のあるターゲット候補の遺伝子リストをご報告します。



TargetScan 等で知ることのできるmiRNAのターゲット候補は、1miRNAあたり514～1519 遺伝子にもおよびます。ターゲット候補遺伝子のリストについては、DAVID等に用いることで機能解析をすることが可能です。



また、miRNA アレイ解析によって有意に変動があった miRNA 群の全体のターゲット候補は、20,000遺伝子にもおよぶことがあります。このような膨大な候補が挙がった場合には、同じRNAサンプルを用いて、別途発現解析のデータを取得して発現変動遺伝子との共通遺伝子を絞り込むことも可能です。


# サービスの概要
■発現変動遺伝子抽出

発現変動の見られる遺伝子を抽出します。条件間で、コントロールに対して発現変動する遺伝子を、Fold Change (2個体間 (1:1) 比較)、t検定 (群間比較)、ANOVA (3群以上の場合) やクラスタリングなどにより抽出します。



■GO解析

GO解析は、発現変動遺伝子群やクラスター解析によりグループ化された遺伝子群など、着目した遺伝子群を対象として統計的な評価に基づき、特徴的なGO Termを抽出することができます。これにより発現値から生物学的な現象を捉えることをサポートすることが可能となります。

弊社ではGeneSpring GX付属のGO Analysisツールを用い、発現変動遺伝子リスト中に特徴的なGO Termを抽出します。



■Pathway解析

Pathwayとはヒト、マウス、ラットなど25生物種、1,500以上のPathwayが登録されており、生体を維持・活動していくのに必要な生命現象を抑制している、生物学的過程・経路のことです。発現値が変動した遺伝子（例えば高発現、低発現の遺伝子）が有意に多く含まれるPathwayを統計的に抽出致します。解析に使用した全遺伝子をWikiPathwaysのPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成致します。



■クラスター解析・主成分分析

・クラスター解析

階層的クラスタリングではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか検証します。また、サンプルの類似度比較により、どのサンプルグループの距離が近いのかを検証します。



・主成分分析

データを空間にプロットすることでその分布から軸を作ります。これによりデータがもつ変動がどういった要因にどの程度影響を与えているかを検証します。



■図表作成

論文に必要な図表の作成を行います。論文を参考にした図表作成についてもご相談ください。



■GEO登録代行

論文を投稿する場合、マイクロアレイデータをNCBI GEOに登録する必要があります。

複雑な登録作業やGEOキュレーターとの対応を代行し、迅速にデータを登録できるようお客様をサポート致します。


# 概要
10x GenomicsのChromiumシングルセル遺伝子発現システムを用い、シングルセルの特性解析および遺伝子発現プロファイリングを行います。不均一な細胞集団の特徴を詳細に評価することができます。

（BD RhapsodyTMシングルセル解析システムを用いた解析も可能ですので、ご相談ください。）


# サービス概要
本サービスでは、数値の羅列であるマイクロアレイデータを、具体的な研究に“使える”データとしてご提供します！（論文に掲載する際のヒートマップの作成や、解析方法の記述、マイクロアレイデータの公開データベース NCBI GEO（Gene Expression Omnibus）への更新までサポートいたします。）



また、具体的な研究において有用な情報が得られていないマイクロアレイデータをお持ちでしたら、解析のみのサービスも実施しておりますので、ご相談ください。


受託カタログ

RNA-Seqサービス一覧

次世代シーケンス　RNA-seq解析パッケージ

調整済みライブラリのシーケンシング

AnnoRoad社の次世代シーケンス受託サービス

RNAシーケンス解析

miRNAマイクロアレイ

オプションデータ解析

シングルセルRNAシーケンス解析

マイクロアレイ