# 概要
腸内、皮膚、環境、その他、様々な「細菌叢」に着目したい研究者の方へ

メタゲノム解析について系統樹作成やTaxon分類を中心に、豊富なデータ解析経験を持つエンジニアが講義致します。客観的な評価に基づいたオープンソースソフトウェアを用います。公開シーケンスデータを用いた実践的な実習で、初心者から経験者まで効率的にスキルを身に着けていただけます。


# 概要
■保有機種　最新鋭のプラットフォーム

・Illumina NovaSeq 6000　：　データ量(フローセル単位) 1.2 TB (S2) / 3.0 TB (S4)

・Illumina HiSeq X Ten　：　リード数 / データ量 3.5億PEリード / 106 GB

・Illumina HiSeq4000　：　リード数 / データ量 2.6億 PEリード / 78GB

・Illumina HiSeq2500　：　リード数 / データ量 1.5億 PEリード / 75 GB

・Illumina MiSeq　：　リード数 / データ数 2,500万 PEリード / 15 GB

・PacBio Sequel　：　リード数 / データ数 最大50万リード / 5-8 GB

■遺伝子多型の包括的解析

●全ゲノムシークエンシング

・リファレンス配列のある各種生物の変異・多型同定、医薬学から育種分野まで

・疾患関連遺伝子の大規模関連解析、バイサルファイト処理による全メチル化解析、CRISPRオフターゲット探索

・突然変異箇所の同定作業の加速、交配種での有用形質と多型の相関解析(QTL-Seq)

・標準の多型同定には30x カバレッジ、SNV / InDel のほか、SV(構造解析)、CNV(コピー数多型)も標準解析

・リファレンスゲノムのない場合、新規ゲノムアセンブリ；PacBio + Illuminaあるいは10x Genomics Chromium

●全エクソソームシークエンシング(対象はヒトおよびマウス)

・ゲノムの1-2 %を占める、タンパク質のコード領域全体(エクソソーム)のみをシークエンシング

・全ゲノムシークエンシングと比較して、その約1/50の出力で同等のカバレッジを得ることが可能

・塩基置換だけでなく、逆位、転座などの構造多型およびコピー数の多型の検出にも対応

・正常・病理組織の比較など体細胞変異の同定、既知変異の確認、タンパク質機能への影響なども標準解析

・ヒトエクソソーム領域の濃縮にはAgilent社のSuperSelect Human All Exon V6 kitを使用

■RNA-Seq遺伝子発現解析

・変異体と野生型個体との間での遺伝子発現量の差違を調べることで、原因遺伝子の生物学的機能と下流の遺伝経路を推定

・薬剤投与した個体と未処理のコントロールの間で遺伝子発現の変化を解析、これにより、投薬による効果を転写レベルで解明

・RNAウイルスの同定

・コード遺伝子と非コード遺伝子(IncRNA, microRNAなど)の統合的解析にも対応


# サービス概要
環境試料から直接獲得した遺伝物質を用いたメタゲノム研究は、微生物の生物多様性を研究する手法として、次世代シークエンシング技術の高速発展によって幅広く応用されています。BGIのメタゲノム解析受託サービスは、環境サンプルから抽出したDNAを用いて全ゲノムショットガンシーケンスを行うことができ、高スループットと高カバレッジで遺伝情報を得ることを特徴

とします。種の構成や存在量だけでなく、機能性遺伝子、サンプル間の遺伝子の違い、代謝パスウェイ、生物活性産物の遺伝資源マイニングに関する情報も提供できます。


# サービス概要
99%以上の天然微生物は分離や培養することができず、従来の分離・培養に依存する方法は自然環境における微生物研究は困難でした。

環境試料から直接回収された遺伝物質を用いたメタゲノム研究は、微生物の生物多様性を探る手法として、高度なNGS技術から大きな恩恵を受けています。16Sおよび18SrDNAは細菌および真菌の16Sまたは18SrRNA遺伝子の超可変領域で、ITS（Internal Transcribed Spacer）は細菌、真菌、古細菌の小サブユニットと大サブユニットrRNA遺伝子間のスペーサーDNAです。

16S/18S/ITS領域の配列比較は、少量のDNAからでもPCRで容易に増幅でき、近縁種間でも高い変異を持つため、分類学や分子系統学に広く利用されています。


# ご提供いただくもの
・糞便、唾液など菌が多数含まれる検体

・生体内洗浄液、手術検体※

・発酵食品、環境（土壌、水、空気）検体等

腸内細菌の場合は糞便、口腔内細菌の場合は唾液の採取となります。

このほかにも菌叢が存在する検体でしたら承りますのでご連絡ください。

※細菌由来のgDNAが全gDNA量の0.5％未満の場合、増幅が困難な場合がございます。実施可能か検討致しますので、ご注文の前に必ずお問い合わせください。

菌叢解析の注意点として、検体は必ず冷凍で保管、輸送してください。温度が上昇すると菌叢が変化する可能性があり、正しく評価を行うことができません。


# 概要
次世代シーケンスにより、ヒトや土壌、海水由来のDNAサンプルからゲノムを網羅的に解析し、様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。研究目的に合わせて、新規の微生物も対象とする「全メタゲノム解析」と、16S rRNA遺伝子領域にフォーカスする「16S rRNAシーケンス」を選択いただけます。


受託カタログ

メタゲノム解析・菌叢解析サービス一覧

バイオインフォマティクス・トレーニングメタゲノム解析

Azentaの次世代シーケンス受託サービス

16S/18S/ITS アンプリコンシーケンス解析

16S rRNA菌叢解析

メタゲノムシーケンス解析